A Direção é o órgão executivo da AAIUEM, sendo constituída por um Presidente e dez Vogais distribuídos pelas seguintes departamentos: Social, Pedagógico, Recreativo, Desportivo, Tecnológico e GAE (Gabinete Apoio ao Estudante)
Para mais informações consultar os "Estatutos da Associação Académica do Instituto Universitário Egas Moniz"
A Mesa da Assembleia Geral (M. A. G.) é o orgão que tem como função a realização das Assembleias Gerais de Alunos (A. G. A.) e nestas votar e aprovar, segundo a sua função legislativa, as novas medidas apresentadas aos estudados e para os estudantes.
O Conselho Fiscal tem como seu propósito fiscalizar o estado financeiro da AAIUEM, bem como fornecer um parecer fundamentado sobre o plano de atividades e orçamento, relatório de atividades e contas apresentado.